《洞洞杂货铺》是一部温馨治愈的都市奇幻漫画，讲述了性格内向、不善交际的插画师林晓，在人生最低谷的雨夜，被一盏暖黄的街灯指引，发现了一家名为“洞洞”的神秘杂货铺。这家店铺只在心有所念之人面前显现，店内陈列着看似普通却拥有奇异力量的日常物品：能让人梦见逝去亲人的安睡枕、可以听见物品记忆的旧耳机、能将写下的烦恼化为轻烟的许愿纸。店主阿洞是一位外表年轻、言行神秘的男子，他守护着店铺，也守护着这个城市里无数微小而珍贵的心愿与遗憾。林晓在偶然成为店铺的兼职帮手后，开始接触一位位带着故事而来的客人，并在这个过程中，逐渐治愈了自己内心的创伤，也与阿洞建立起了一种超越友谊的深刻羁绊。店铺本身似乎也隐藏着一个关于时间、承诺与守护的百年秘密，等待着林晓去揭开。
一位头发花白的老奶奶在店铺关门前赶来，希望能再见一面她已故的丈夫。阿洞拿出“记忆八音盒”，当音乐响起，老奶奶的眼前浮现出年轻时与丈夫在舞厅共舞的场景，她泪流满面地抚摸着空气，仿佛真的触碰到了对方的脸庞。林晓在一旁安静地看着，第一次深切地感受到，这家店铺售卖的并非魔法，而是与过去和解的勇气。
一个匆忙的上班族无意中买走了“契约胶带”，他并不知道，这卷胶带能让他十年前与挚友的约定具象化。当天深夜，他被一股无形的力量带到了城市另一端的旧公寓楼下，发现儿时的好友正站在路灯下等他，手里拿着两张尘封已久的演唱会门票。两人相视一笑，那份被生活冲淡的友情，在胶带的粘合下重新牢固。
暗恋学长多年的女孩买下了“倾吐墨水”，并写了一封告白信。墨水能确保她的心意精准传达，但代价是必须亲眼看着对方读完信并做出回应。在学校的樱花树下，她颤抖着将信交给学长，等待了仿佛一个世纪那么久。最终，学长温柔地拒绝了她，但女孩却感觉前所未有的轻松，因为墨水也让她听见了学长真诚的祝福和鼓励，让她明白这份喜欢并没有被浪费。
店铺迎来了一位准备放弃梦想的天文学家，他因为长期的观测无果而陷入深深的自我怀疑。阿洞借给他“星愿望远镜”，透过镜筒，他看到的不再是冰冷的星体数据，而是自己孩童时期第一次仰望星空时那份纯粹的震撼与好奇。那颗被他寻找了许久的“北极星”其实从未消失，它一直照亮着他回家的路，也提醒着他出发时的初心。
一位濒临倒闭的旧书店店主前来求助，他发现店里的书总在半夜被移动。阿洞与林晓到访后，用“听物听诊器”听到了书本们的“声音”。原来，是一位几十年前在书店里长大的女孩的“记忆残影”在徘徊，她舍不得这些陪伴她童年的书被卖掉。林晓想出了一个主意，帮店主将店铺重新装修成一个复古阅读角，让“幽灵”女孩的记忆能以另一种方式被永远珍藏。
一个下雨天，一个总爱独来独往的少年在店门口躲雨，买走了一把“共享雨伞”。这把伞的奇妙之处在于，使用它的人必须在回家路上和至少一个陌生人共撑。少年硬着头皮为一个没带伞的老奶奶遮雨，却在短短十分钟的同行中，听到了老奶奶讲述她年轻时的冒险故事。这一次被迫的“亲密接触”，像一道裂缝，撬开了少年封闭已久的内心，让他发现与人相连并不那么可怕。